Gardiennes de la mémoire du diocèse, les Archives historiques sont une véritable mine pour l’histoire religieuse de la Franche-Comté. On y trouve plusieurs types de fonds principalement des XIXe et XXe siècles, notamment :        

           – Les registres de baptêmes, mariages et sépultures des paroisses du diocèse de Besançon de 1792 à 1919.              

           – Les archives administratives et pastorales des paroisses (concernent la vie matérielle et spirituelle) : registres de conseils de fabriques, de confréries, correspondances, bulletins paroissiaux…                    

           – L’administration du diocèse : papiers des archevêques depuis la Révolution.

           – Plusieurs fonds particuliers : fonds du grand séminaire de Besançon, des petits séminaires ; les archives post-concordataires du Chapitre métropolitain de Besançon ; Des ensembles de manuscrits XVIe-XXe siècles (notes d’érudits, pouillés des bénéfices, manuscrits profanes et religieux inédits…) ; une série d’entrées extraordinaires (série Z) regroupant une grande variété de documents.

Les Archives historiques représentent actuellement environ 900 mètres linéaires. Elles ont quitté les locaux de l’archevêché en 2009 pour fusionner avec la Bibliothèque Grammont avec laquelle elles fonctionnent en parfaite complémentarité